（1）难解读
三星堆已经没有办法向下挖掘了，现在的考古技术的能力很受限制，所以导致很多不好保存的文物在出土过后莫名其妙的消失，这不仅是损失，所以现在已经暂停了挖掘工作，等到能力达到的时候再继续挖掘，也能够给人们比较正确的解答。
（2）谣言
三星堆的神秘面纱一直没有揭开，外界不知道的人以讹传讹，就变成了考古专家不敢深入研究； 三星堆的谜团越来越多，无法解开，因为没有出土文字，考古专家也没办法去解开迷题；
（3）历史争议
三星堆遗址一直没有彻底地被研究，许多历史学家都在讨论，我们华夏民族到底是自发形成的，还是外来传播的；
（4）文物保护
三星堆遗址因为文物保护而停止挖掘，与秦始皇陵类似；
（5）已被充分研究
三星堆的发掘工作已经进行了许多年，大量的文物和资料已经被挖掘出来并进行了研究，因此继续发掘的必要性和意义也越来越小。
（6）专家难以接受
由于三星堆遗址的发现让专家们难以接受，因此我国不敢深入研究该遗址。
（7）文物归属问题