在妙蛙草成功进化后，小智也是告别了这里的神奇宝贝们，然后继续踏上了旅途……
期间他们经历了娃娃节，在小霞一系列的软磨硬泡下，小智和小刚最后将自己的神奇宝贝借给了小霞去参加比赛。
说实话，有小刚的大岩蛇帮忙就已经很赖皮了，再加上小智的皮卡丘和妙蛙花，小霞参加的那场娃娃节比赛多少有点欺负人，毕竟，自己和小刚的神奇宝贝都是打职业的，用它们来参加这种业余小比赛，根本就是大材小用，这就相当于别人拿他的兴趣，挑战自己的饭碗……
其中值得一提的是，武藏到最后还是收服了大舌头，但小智的神奇宝贝已经不是曾经的它们了，面对大舌头皮卡丘一发十万伏特直接秒了它。
最后，小智见他们可怜，也是趁着所有人不注意，偷偷找到失败的火箭队，请他们大吃一顿，顺便给武藏又买了一套和小霞同款娃娃，这让火箭队等人感动得不要不要的。
在吃饭的时候，小智望着狼吞虎咽的小次郎和喵喵，也是心中感叹着
这两个家伙，明明每天都是饿得上顿不着下顿，但还是愿意倾家荡产的帮武藏买些名贵的衣物，对此，我也只能表示
你舅宠她吧！
……
娃娃节过完了，之后又到了儿童节，之后他们遇到一个幼稚园，小智一向对熊孩子没有好感，他当时很果断的拒绝了这里老师的请求，并且义正言辞的跟他们说，神奇宝贝不是用来取悦别人的工具，然后头也不回地离开了这里。
至于这里那只会百万吨飞踢的喵喵，小智也没什么兴趣。
作为一个神奇宝贝二十多年的老粉，小智一向认为，不会说话的喵喵再强也没有灵魂，所以，小智还是把那只“格斗系”的喵喵留给这里的熊孩子吧。
……
之后，他们路过了一个警犬培养学院，小智当时就来了兴趣，于是，小智请求他们让自己观摩一下训练卡蒂狗过程，对面的君莎小姐也很大方的就同意了，而小智当时也是兴奋地放出了自己的卡蒂狗加入了它们，他要利用这次机会，让自己的卡蒂狗完成蜕变。
在经过一天的培训和火箭队的助攻后，但最后很遗憾，小智还是没能让卡蒂狗进化为帅气的风速狗了。
虽然，小智的卡蒂狗没有小次郎的那只天赋高，但那也是狗王级别，是可以用不到进化石就自行完成了进化的，这次没能成功，小智也只能以后再找机会了。
像这个世界里，许多天赋高的神奇宝贝是用不到进化石就可以进化的，它们的能力已经算是突破了血脉的缺陷，可以凭借自身的力量完美的补足种族的缺陷，这样的进化，可以保证自身血脉的纯粹性。
……
再然后，他们在后面的旅行中遇到那名喜爱摄影的阿澈，对于这个把梦想看得比生命都重要的少年，小智还是很有好感的。
某种意义上来说，自己其实和他算是同一种人。
然后，大家既然相识一场，小智也是把博士那里的化石翼龙等古代神奇宝贝传送过来，让他进行拍摄，并且他还和阿澈约定，以后自己有什么发现都由他来报导，由他来做自己的御用摄影师。
这让阿澈也是高兴得合不拢嘴，他其实和小智也是很合得来，而且以他摄影师的直觉，也能感觉得到，小智身上有着某种不知道怎么形容的能力，怎么说呢…就是感觉跟着小智，以后肯定能有许多大发现。
随后，阿澈也是决定先和小智旅行一段时间……
……
经过一系列的旅行，今天小智等人来到了神奇宝贝联盟鉴定考的地方。
阿澈刚到这里，就到处拍摄素材去了，而小智原本不想参加这种考试的，知道原着的小智可是深刻的了解过，这里的考试究竟是有多么的坑爹！
这种考试的题目里，什么蚊香蛙的波纹都还算正常，可是从上往下看的胖丁都是什么鬼？
而且小智扫视一圈来这里考试的人，大叔、大妈、小屁孩、不良少年，什么样的人都有，甚至这里还有个和尚也来参加考试，这让小智觉得跟他们在一起有些掉身份。
然后，这里的乔伊也过来参加了考试，这让小智这个颜狗稍微感到一丝丝的欣慰。
最后，小智上交了所有的神奇宝贝球，就拜托小霞帮忙保管皮卡丘，跟着乔伊一起进入了考场。
考试开始后，看着那些坑爹的题目，小智都快要吐血了，他是1级博士不假，但是这些问题实在是有些反人类，要是问特性什么之类的问题，就连大木博士都不是他的对手，不过，也幸好开始的都是一些稍微正常一些判断题，小智面对的还是比较从容的。
但这些从上往下看的胖丁之类的问题，小智也只能靠蒙了。
……
等考试结束，小智汗流浃背地从考场出来，他感觉就算自己打十场道馆战都没有今天这么累。
而考试途中，乔装的武藏也是不出所料地被这些题目气愤得退场了。
“小智，你考得怎么样啊？”小智出来后，众人也是上前关心地问道。
“应该还行吧…”小智也有些尴尬，他感觉自己判断题答得还不错，应该不会再和那两个怨种一起排名垫底了。
最后，众人看着排名的积分牌，小智的名词在第20名，这让众人有些失望。
“什么嘛，小智，亏你还是博士，连前十名都没进去，太给博士丢脸了。”小霞见状，也是趁机调侃道，她算是终于找到小智不擅长的事情了。
“这个…呢，毕竟，术业有专攻，我擅长的是神奇宝贝属性的研究，这里的题目实在是有点反人类。”小智也是尴尬地吐槽道。
“哈哈哈！小霞，你也别再调侃小智了，毕竟，一个人再完美，也不可能什么都会的。”小刚也是大笑着为小智解了围。
而另一边的小次郎也是在墙角懊恼道
“我一定要连武藏的份，一起努力！”
……
最后，终于到了第3场考试，实战环节！
“杰尼龟！使出水枪！”
“杰尼龟！接着使出火箭头槌！”乔伊小姐在这场考试中漂亮的打赢了一位教员，这让一旁观战的小刚感到心动不已。
而另一边的小智和小次郎则是站在了一开始接待他们的教官面前选择神奇宝贝球。
“来吧，请选你们喜欢的吧。”
“有意思，那么我选这个吧！”小智对于这场考试唯一的好感，就是这场考试需要使用随机的神奇宝贝，这样更能考验训练家对于各种神奇宝贝的运用，这也是小智参加这场考试唯一的目的。
“我们要跟教官挑战是吗？”小次郎还一脸呆萌的说道。
“就是这样。”
“那么，我选这个吧。”小次郎也挑选好了三颗神奇宝贝球。
……
来到对战场地，小次郎先开始了战斗
“小次郎！快点把他打扁！”武藏在一旁替小次郎加油着。
“我要替武藏报仇！去吧！”吼完，小次郎扔出了神奇宝贝球。
“皮卡！”出来的，竟然是一只皮卡丘！这让小次郎激动了
“哈哈哈！这下我赢定了！”
“电击！打雷！十万伏特！我老是被这招打败！”
“皮卡丘的绝招！我是太熟悉了！”
“哈哈哈哈哈哈！”
“他的样子看起来挺可悲的。”
“就是啊！”就连武藏和喵喵见到小次郎这幅样子都有点看不过去了，也是无奈地在那吐槽着。
小智见了也是一拍额头，表示我不认识这个傻子。
“那么，我也来吧！”
说着，教员放出了一只隆隆石。
“皮卡丘！用十万伏特！”
“皮卡！”
皮卡丘听了小次郎的命令，这都让小次郎陶醉了
“哦~感觉太痛快了！”
可是，这招对于岩石系的隆隆岩来说根本就没有任何效果，随后，隆隆岩一发冲击秒杀了皮卡丘，这让小智差点骂出口
你就记得电系绝招，难道铁尾被你吃了？
最后，小次郎恼羞成怒下，连续释放了另外两个宝贝球，出来了一只妙蛙草和喷火龙，这让小智不禁感叹小次郎真是欧皇附体，这抽签的运气，绝对了。