奈克瑟斯世界，姬矢准和千树怜强强联手，接连挫败异生兽，幕后黑手石掘光彦坐不住了，把黑手伸向了孤门一辉的女朋友斋田莉子。
想要引导斋田莉子走向黑暗，让其变成黑暗傀儡浮士德，一方面对抗姬矢准和千树怜化身的奈克瑟斯，一方面想要使孤门一辉陷入两难的境地，不能完成最后的蜕变。
只不过这个计谋被孤门一辉提前识破了，绝境之下，孤门一辉拔出了进化信赖者变身成了奈克瑟斯蓝色，粉碎了石掘光彦的阴谋。
幕后的石掘光彦再次被震惊到了，暗地里无能狂怒道：“可恶，这到底是怎么回事，为什么会有这么多奈克瑟斯，我是捅了奈克瑟斯的窝了吗，啊啊啊啊啊”！
救下斋田莉子，孤门一辉对人渣罗特充满了感激，要不是有人渣罗特给予的进化信赖者，此刻他和斋田莉子恐怕已经身处两个阵营了。
孤门一辉也终于明白了进化信赖者的意义——守护，守护心爱之人，守护弱者，守护人类。
斋田莉子和孤门一辉拥抱在一起，差点堕入黑暗，与孤门一辉天人永隔，让绝处逢生的斋田莉子做出了重要的决定。
……
一夜细水潺流，孤门一辉从一个纯情小处男，蜕变成了一个真正的男人，看着熟睡的斋田莉子，孤门一辉握紧了进化信赖者，暗道“我将守护这一切”。
失败的石掘光彦把目光放到了西条风身上，因为他发现西条风好像很痛恨奈克瑟斯奥特曼，于是开始诱导西条风。
终于通过几次诱导，西条风被仇恨蒙蔽双眼，堕入到了黑暗当中，化身成了黑暗浮士德，同时催动伽鲁贝洛斯、莱芙丽雅、诺斯菲尔、格鲁格莱姆等四头异生兽肆虐城市，屠杀人类，意图将三个奈克瑟斯全部干掉。
姬矢准、千树怜看到四头异生兽肆虐人间，立刻掏出进化信赖者，化身奈克瑟斯，赶到现场，打开梅塔领域，和四头异生兽斗在了一起。
夜袭队驾驶战机进入梅塔领域中助阵两奥，异生兽虽多，但仍旧不是两奥的对手，被打得满地找牙，就在这时梅塔领域出现了一道空间裂缝，两个黑暗巨人从中走了出来。
一个是西条风所化的黑暗浮士德，另一个则是三泽广之所化的梅菲斯特二代，两人施展黑暗领域，此消彼长，黑暗阵营人多势众，局势瞬间攻守易形。
姬矢准和千树怜毫无惧色，并肩而立，看着对面四头异生兽和两个黑暗巨人。
战机中的勾吕木真也和孤门一辉见状，也不再掩饰了，掏出了进化信赖者，变身成了奈克瑟斯蓝色和奈克瑟斯橙色，降落到了姬矢准和千树怜身旁。
四奥相互点头，开始了心灵传音。
孤门一辉道：“队长，没想到你也是奈克瑟斯的适能者”。
勾吕木真也笑道：“一辉，曾经我也堕入黑暗，幸好得到前辈指点，弃暗投明，这才得到光明的认可”。
千树怜和姬矢准异口同声道：“你也认识前辈”。
孤门一辉闻言笑道：“看来我们大家都得到了前辈的指点”。
姬矢准道：“那就让我们一起并肩作战，消灭这些黑暗巨人和异生兽吧”。