不同于亚特兰蒂斯号深藏于海底，新蓬莱破土而出的难度和后续清理都要麻烦很多。
新蓬莱现在除了主楼的上半部分之外，都被厚实的土层所覆盖，如果人工清理的话不知道要忙到猴年马月。
不过新蓬莱毕竟是可以飞行的星际城市，还是有一些可以偷懒的办法可想的。
远征军先启动了护盾，然后借助护盾的力量将新蓬莱的城市边缘和周围的土地分隔开来。
接着就是发动常规动力引擎让新蓬莱从地底缓缓升起，虽然六个半岛之间的土层被留了下来，但是覆盖在城市里其他地方的土石方才是主要部分，这些都和新蓬莱一起飞入空中。
脱离地面的新蓬莱并没有停止上升，而是径直向太空轨道飞了上去。
在远处进行观测的远征军飞船记录下了这震撼性的一幕。
新蓬莱的底部喷射出蓝色火焰，这是常规动力引擎工作时的能量反应。
巨大的推力将这个直径数公里的庞然大物不断推向高空，覆盖在新蓬莱上的土石方不断落下，然后在地面溅起巨大的尘烟。
上升过程中的剧烈震动让新蓬莱上的土石方都松动起来。
等新蓬莱上升到太空轨道，行星引力严重衰减之后，控制中枢就将整个城市调转方向，让城市的顶部面朝行星方向，然后缓缓向行星表面降落。
本来就已松动的土石方随着行星引力的增加终于不再附着于新蓬莱之上，纷纷坠入大气层。
等绝大部分土石方坠落之后，控制中枢才让新蓬莱调转方向，然后朝着行星上的一片海域飞了过去，最后停泊在了海面之上。
这个时候新蓬莱的表面虽然已经没有了土石方堆积，但是表面依然泥泞不堪，有过一次从海底上升经验的远征军这次准备借助海水的冲刷来完成最后的清洗。
远征军再次检查了城市的封闭性之后，就直接将新蓬莱沉入了海面之下。
不过为了避免水压对城市建筑造成伤害，只是将地面沉入海水之下就停止了下降。
在海水里浪了一圈之后，新蓬莱终于恢复了原本应有的光辉，虽然还不及亚特兰蒂斯那么焕彩如新，但至少不再是灰头土脸的倒霉模样了。
武装新蓬莱的最后一步就是将这里的星门迁移过来，不过因为星门大厅的位置给了中控座椅，所以星门就放在了城市里的一个半岛上，其实这样也好，至少安全性而灵活性都要高一点。