公元前341年，秦国联合齐、赵两国攻打魏国。同年九月，秦孝公派商鞅进攻魏河东，魏派公子卬迎战。两军对峙时，商鞅派使者送信给公子卬，说：“我当初与公子相处的很快乐，如今你我成了敌对两国的将领，不忍心相互攻击，我可以与公子当面相见，订立盟约，痛痛快快地喝几杯然后各自撤兵，让秦魏两国相安无事。”公子卬赴会时被商鞅埋伏的甲士俘虏，商鞅趁机攻击魏军，魏军大败。魏惠王被迫割让河西部分土地求和，此时魏惠王说：“寡人真后悔没有听公叔痤的话。”商鞅因战功获封于商十五邑，号为商君。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。商鞅变法涉及到利益的重新分配，“奖励耕战，实行军功爵制”为平民进入上层打通了通道，使秦国欣欣向荣，日益强大。但却打破了延续几百年的贵族的世袭制，因此得罪了贵族势力。商鞅在秦孝公病重期间，独揽军政大权，使秦国内部权力斗争激化。
因此，在秦孝公死后，公子虔等贵族势力便罗织罪名，诬其谋反。秦惠文王下令追捕。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾骗擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅回秦后被迫潜回封邑商於，发动邑兵攻打郑县〔今陕西省渭南市华州区（华县）〕。秦惠文王派兵征伐，结果商鞅在彤地〔今陕西省渭南市华州区（原华县）西南〕失败战死。其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文王同时下令诛灭商鞅全家。
商鞅在变法之争时提到的“圣人苟可以强国，不法其故；苟可以利民，不循其礼”就成为了秦国政治的指导原则，使秦国领先于山东六国。其次，商鞅执法不避权贵、刑上大夫表明了他坚决贯彻了法家的这一主张。最后，法家还有一个共性就是，商鞅一样抱着法家“明法”的态度和精神来推行政治改革，让百姓知晓法律。
商鞅独立的思想的影响主要表现在三个方面。首先，商鞅主张全农的经济政策，为此他颁布了《垦草令》，制定出二十种重农和开垦荒地的办法。一方面直接或间接的刺激农业发展，一方面打压工商业。其次，商鞅主张重刑厚赏。商鞅认为人的本性是趋利畏罪的，只要重刑厚赏，就可以很好的治理人民，使国家安定。为此商鞅一方面制定严酷的刑法治理人民，一方面重赏立信。第三，商鞅主张重战尚武，具有军国主义思想。最后，商鞅主张国家应统一民众的心智，制定统一的制度，实现统一的目标。
商鞅的思想在商鞅死后经过发展逐渐形成一门学派，名为商学派。商学派经过建立、开拓、发展、定型和后劲五个阶段，配合秦的历史，逐渐成为主宰秦国乃至秦朝的思想主流。
商鞅在起草了新法、尚未颁布之际，害怕百姓不信，就在国都市场南门立一个三丈高的木头，招募能将其搬到北门的民众，许诺赏十金。民众感到奇怪，没人敢应募，商鞅又将赏金提高到五十金，有一个人应募，商鞅果然给了他五十金，然后才颁布新法，是为徙木立信的典故。
商鞅辅佐秦孝公十年，贵族都怨恨他，有一个叫赵良的人劝商鞅辞官纳地，急流勇退，并提到“千人之诺诺，不如一士之谔谔”，但商鞅不听。
《汉书·艺文志》在法家论着中记载商鞅着有《商君》29篇，兵家权谋论着中着有《公孙鞅》27篇。其中《公孙鞅》已失传，现存的《商君书》共有24篇，其中第16篇刑约和第21篇御盗内容已失传。
《商君书》又称《商子》，是由商鞅的言行和思想及法家后学着作汇编而成，是法家学派的代表作品之一。书中主张依法治国、重农抑商、重战尚武、重刑轻赏，贬斥儒家学说、纵横家及游侠。
此外，《汉书·艺文志》在农家论着中记载有《神农》二十篇，颜师古引刘向的《七略·别录》认为此书疑为李悝和商鞅所着。
历史评价
蔡泽：夫商君为秦孝公明法令，禁奸本，尊爵必赏，有罪必罚，平权衡，正度量，调轻重，决裂阡陌，以静生民之业而一其俗，劝民耕农利土，一室无二事，力田稸积，习战陈之事，是以兵动而地广，兵休而国富，故秦无敌于天下，立威诸侯，成秦国之业。
李斯：孝公用商鞅之法，移风易俗，民以殷富，国以富强，百姓乐用，诸侯亲附。
《太史公自序》：鞅去卫适秦，能明其术，强霸孝公，后世遵其法。