既然王树亭已经有了决定。
接下来便是挑选黄道吉日，建社稷、立宗庙，正式就任唐国公、文武大将军；文武百官恭贺并传檄陕地四府、七州，四十九县。
就任之后，就是敲定大将军府和唐国公府的各级文武官员的级别和职能了。
又经过几天的商议，最终确定制度在唐制和明制的基础上进行改建，
大将军府：由王树亭直接领导，其下设立指挥部、参谋部、后勤装备部三个主要部门。
指挥部：设前后左右四卫将军和内卫将军，负责统带所有作战部队和内卫部队。
任命王树山为左卫将军，冯举、万宏权为副将；王壮为右卫将军、艾穆、刘成功为副将；苏步为前卫将军，叶孟至、平安为副将；苗兴一为后卫将军，万宏权、萧动为副将；李本原为内卫将军，副将牛成虎，崔尔达。
参谋部：设参谋总长、参谋次长、及各事参军等负责作战参谋和命令传达。
任命：黄文瀚为参谋总长。
后勤装备部：设司务将军、仓曹司、兵曹司、骑曹司，负责粮食、装备等物资的筹措和发放。
另设大将军府长史、司马负责协助大将军处理各类事务。徐平川和张国绅为长史和司马。
王树亭成了唐国公，那麾下军队，不管是护乡军还是归降的明军自然就统一变成了唐军，当即命令参谋部重新整编全部军队，现在全军所有兵马加在一起差不多有十三万人马，要求前后左右四卫为野战部队，每卫两万人马，兵员配备按照火器四成、骑兵三成、战兵两成、炮兵一成的比例组建。
剩余五万人马全部归内卫将军统带，驻守城池。
唐国公府：
唐国公府设总理大臣、左右长史和左右司马负责辅助王树亭总揽事务，相当于朝廷的内阁，大将军府长史和司马分别兼任内阁的长史和司马。
任命徐平川为总理大臣，黄文瀚、张国绅、张辇、杜正川为左右长史和左右司马，五人共同组成内阁。原来担任的职务卸任，分别由黄文锦担任延安知府、侯宁担任西安知府、宋千山担任庆阳知府。
内阁之下直接设立六部：
吏部掌管全国文职官吏的任免、考课、勋封等事；
户部掌管全国户口、土地、赋税、钱粮、财政收支等事；
礼部掌管礼仪、祭祀、科举、学校等事；
兵部掌管武官选用及军事行政；
刑部掌管全国司法行政；
工部掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等事。
在官阶之上，文职，内阁成员为从二品，六部之首尚书为正三品，副职称侍郎从三品，下面还有各司之首称司长正四品，副职为司丞从四品，之后再是各科主事正七品。地方上，一府知府为从三品，同知正四品、通判正五品，其下还有府衙各房主事，一县之县令为正七品、县丞 从七品、主簿 正八品、典史正九品。
武职方面，五卫将军和参谋总长从二品、副将、将军府长史、司马和司务将军正三品，卫指挥同知、参谋次长从三品，参将正四品，正千户 正五品，副千户 从五品，百户正六品。
这基本是就是照抄了大明朝廷的官职设置，只是因为他们现在手里可用的官员比较少，只能一人身兼数职。