时间线整理：
2015年【故事主线从这里开始】
……6月
——某日零号机进行连动实验失控，丽身受重伤。
——下午十二时三十分，第三使徒来袭，真嗣的初号机暴走将使徒打倒，最后使徒与初号机自爆但没有将初号机炸掉。
——美里正式成为真嗣的监护人，并且将真嗣接到家中同住，自此时起真嗣转入市立第一中学就读。
……7月
——上旬，第四使徒来袭，被初号机歼灭。
——真嗣离家出走，及后被谍报部寻回。
……8月
——月初某日上午九时左右，NERV研究第四使徒，但结果亦没有公布。
——某日下午二时左右零号机进行第三次连动实验，实验成功。第五使徒来袭，隔日被初号机用阳电子炮命中核心摧毁。
——某周三，JtAlon完成表纪念会，为NERV所破坏。
——28日太平洋舰队运载贰号机与亚当至日本，下午第六使徒来袭，被下沉的两艘战舰零距离攻击，使徒被歼灭。
——隔日明日香转入市立第一中学二年A班就读。
……9月
——5日上午10时33分，第七使徒来袭，开始被贰号机切断，使徒居然一分为二。10时58分两机被使徒整成惨状。
——上午11时5分联合国空军利用N2地雷炸毁使徒甲表面物质约28%及使徒乙表面物质约27%。
——隔日，明日香搬进美里家与真嗣进行配合特训。
——11日上午初、贰两机同时重击使徒两个核心，消灭使徒。
——下旬，NERV在浅间火山口现第八使徒，原想捕捉样本，但使徒在捕捉过程孵化，由D型装备贰号机歼灭。
……10月
——月初某周五，上午10时30分，零号机改，进行第二次延长活动实验，机体亦复修完毕，涂装改为蓝色。
——月初某周五，NERV本部大停电，第九使徒在旧热海登陆，三部EVA次同时出动，并于同日击灭使徒。
——中旬，源渡和冬月自南极运送罗基奴斯长枪回本部。第十使徒在卫星轨道出现，以带AT力场的分体进行攻击，美里打算利用三架EVA直接阻止使徒下降，翌日作战成功，使徒被歼灭。
……11月
——上旬某日约上午11时，三位适任者进行直接以身体同步实验，途中MAGI被十一使徒入侵，并计划执行自爆系统，下午1时左右律子从CASPER传送自灭促进程式，消灭使徒。源渡对SEELE否认有入侵的事件。
——上旬某日，真嗣进行第一次机体互乘实验，结果失控。真嗣则于同日恢复意识。
——某周日，唯之忌日，真嗣与源渡到坟前拜祭。深夜，明日香与真嗣接吻；街上，美里与加持相吻定情。
——翌日，丽在本部深度地底设备中央部试验DUMMYSyst。地深两千八百公尺。最终教义区，加持被美里洞悉了真正身份，加持将天国之门打开，看见使徒亚当，实际上是LILITH。
——月底，真嗣的同步率终于超越明日香，令明日香大怒。
……12月
——月初，第十二使徒来袭，初号机被使徒的狄拉克之海吞没，翌日清晨初号机在没有供电力情况下再起动，出现暴走状态，消灭十二使徒。
——上旬，第三新东京市伪装迎击系统完成。早上，北美第二支部消失，连带EVA肆号机、S2机关及半径四十九公里的研究设施全部消灭，据知当时在进行S2机关的实验。
——DUMMYPlug试作型开完成。下午确认第四适格者为铃原冬二。叁号机运送至日本本部，其已被使徒寄生，叁号机起动实验生事故，被作成十三使徒处理，初号机初次使用DUMMYSyst，将使徒肢解。真嗣知道第四适格者是冬二，大怒要破坏NERV，后因被提高LCL浓度而昏迷，真嗣被拖出驾驶舱。
——三天后，失去左脚的冬二恢复意识。真嗣离开NERV，适格者资格取消。十四使徒来袭，直接攻进GEO-FRONT。贰号机的双臂和头被刺飞，丽驾驶零号机抱着N2爆雷自杀式攻击无效，脸被切成两半。使徒将NERV本部基本摧毁，入侵主轴往中央教条区前进令所。真嗣回来驾驶初号机把使徒推出本部，初号机活动极限，使徒反击，初号机暴走攻击并吃掉使徒，将S2机关据为己有。真嗣与初号机同步率400%，完全融于LCL中，隔日救援真嗣行动展开，事后二十七日救回真嗣。不久，源渡将亚当植入右手。
——三日后，加持将内藏第二次冲击的秘密胶囊交给美里。
2016年
……1月
——下旬，冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是事件主谋者，美里受到侦讯。
……2月
——上旬，第十五使徒来袭，后来零号机以朗基努斯之枪消灭目标。
——中旬，十六使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽，丽的遗体在插入栓中现，律子命秘密处理，真嗣现丽毫无伤，这其实已经是第三个丽了。
——几天后，美里解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。同时，律子破坏DUMMYSyst。
——下旬，明日香失踪。七日后，被谍报部二课寻回。
——第五适格者渚薰抵达NERV，真嗣对薰产生好感。同日，同步测试中，薰可以和未改写核心的贰号机同步，令众人惊讶。翌日，美理知道薰能自由设定与EVA的同步率。途中薰同化贰号机，展开超强大AT力场，形成结界，掩盖所有探测。丽亦展开同等力量的AT力场，中和结界。
——最后使徒————熏，直接闯进中央教条区，并将最后防卫线，天国之门开启，初号机捕获使徒，但渚薰自愿被初号机杀害。
……3月
——上旬，某日上午5时59分，美里终于知道第2次冲击的秘密。
——律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。