3.顺应自然的东方禅悟基因
森田正马对精神病学和心理学的主要贡献，是创建了一种新的心理治疗方法——森田疗法（MortaThrapy）。这是一种在禅宗的影响下形成的具有明显东方色彩的心理治疗方法。
在森田所处时代的日本精神病学界，德国精神病学家和心理学家E.克雷佩林的理论占据着统治地位，他认为：神经症是由生物和体质障碍引起的。森田正马以自己的切身体验为基础，进行了新的探索，不仅研究了神经症患者的病因，还探讨了其治疗方法，并以多年来对神经质患者的观察，把握其症状的实际表现，密切注意病人的反应和心理变化，把这些观察与自己的体验相对照。
除此以外，他还阅读了大量国内外文献，结合当时认为有较强的治疗神经症的各种治疗方法，进行实践验证。最后，把当时的主要治疗方法，如安静疗法、作业疗法、说理疗法、生活疗法等，取其精华，去其糟粕，通汇贯通成一套独特的心理疗法。
其实，森田疗法治愈的第一个病人，正是森田正马本人。那还是在这一疗法产生之前，但是为其产生奠定了基础。
正如森田正马所说：“怨恨就是怨恨。实事求是，听其自然地亮出自己的真实情感，用不着想方设法掩盖或去否定它。照实地怨恨一番，或许也可以说，含恨在心也可以。这样一来，如果只是这样限度的怨恨，一般人在数日之内就可忘却。”