后鸟羽上皇虽然布了讨伐北条氏的院宣，但是应者寥寥，而人称“尼姑将军”的北条政子则集合御家人，颂扬源赖朝给武士们带来的安定富足的生活，也讲述了在源赖朝之前武士们悲惨低贱的生活。
在北条政子的鼓动下，御家人重新集结在幕府旗下。1221年6月15日，在北条义时之子北条泰时、其弟北条时房的率领下，从镰仓出，兵分三路挺向京都，不到一月，便以绝对优势的兵力打败了皇室军队，结束了“承久之乱”。
攻陷京都之后，北条氏将包括后鸟羽上皇在内的三位上皇流放孤岛，并处死处罚了参与讨幕的贵族与武士，没收这些人的领地达3000余处，将其划拨为幕府的直辖领地，作为恩赏赐给有功之臣，称为“新补低头”。为了能监控皇室的一举一动，北条义时将原京都的六波罗馆改为六波罗府，任命北条泰时为六波罗探题，其权力仅次于执权。
“承久之乱”之后，皇室丧失了军权，皇位也由幕府一手操控，由此幕府逐渐取代皇室站到了国家权力的中心位置。
1224年，北条义时去世，北条泰时任幕府执权。北条泰时是一个颇有作为的人，在他继任执权不久，便实行了一系列的改革。1125年，为了改变执权一人独断的体制，北条泰时设置了辅助政务的“联署”一职，由其亲信族人担任。同时，为了平衡权力，北条泰时还设立了最高决策机构“评定众”，由11名精通政务的御家人组成，与执权、联署协商决定有关行政和司法的重大事务。
北条泰时在位期间，还制定了武家的基本法典《御成败式目》，因其在贞永元年（1232）制定，又被称为《贞永式目》。《御成败式目》共有51条条文，以通俗易懂的语言规定了守护、地头的职分，以及御家人土地所有权和继承权的具体处置办法。这是日本第一部专门针对武士阶层制定的法典，是武家的基本法度，对后世许多武家的法典，产生了深远的影响。
北条泰时之孙北条时赖担任“执权”后，继续其祖父的改革，1249年，为了进一步完善以执权为中心的政治体制，北条时赖设置了“引付众”之职。“引付众”的职责是协助审理文书及司法裁判。为了加强北条氏的统治，北条时赖还废除了名义上的将军之位，并抑制北条氏旁支的势力，将所有权力集中在北条嫡系家族——“得宗”手中，被称作“得宗专制”的嫡长子继承制由此建立。