大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物间的战斗’)，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。
但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。
途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。
不久，鸣人、小樱跟佐助再度会面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，后叛离而同时给‘晓’追杀)。
佐助会意而放弃杀害鸣人们的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。
不尸转生的三年期限届满后，连兜的药也已无助，大蛇丸认为是时候以佐助的躯体进行灵界转生。另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先制人，冲进其房间进行刺杀。
大蛇丸也不甘示弱，现出白鳞大蛇真身，并即席进行灵界转生。然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助反吞噬及夺去一切力量，留下一副大蛇躯壳。
结果因自身极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助反侵，灵魂与力量被完全压制，虽生犹死。
之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，未料被自己苦心寻找的十拳剑封印在鼬的幻术之中，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。
真正算来，大蛇丸在这个时候就算是已经真正死去。这也就是大蛇丸的一生所经历过的一切。
在与佐助争夺身体失败之后，大蛇丸潜藏在佐助的体内，寻找着翻盘的机会。
但是，佐助的哥哥，宇智波鼬却看穿了大蛇丸的把戏。
在鼬与佐助大战之时，鼬使出手段，将大蛇丸从佐助的身体里边逼了出来，然后用十拳剑将大蛇丸放逐、封印在幻术世界当中，永远无法超脱出来。
大蛇丸迷失了。
而后来出现的大蛇丸，其实是因为药师兜在大蛇丸被封印之前就已经移植了大蛇丸的基因，所以大蛇丸才能够再次出现。
也就是说，第四次忍界大战出现的大蛇丸并不能够算作真正的大蛇丸，只能够是大蛇丸的复制体一般。
真正的大蛇丸还被宇智波鼬封印在幻术世界当中。
在被封印在幻术空间之后，大蛇丸可以说已经不存在与忍界当中。他的一切，都被那把十拳剑抹去了。
在幻术空间当中，大蛇丸不能移动、不能离开那个不断变幻的世界，他能够做的也只有思考而已。
长久的近乎于永恒的时间当中，大蛇丸也想清楚了许多，他也看开了很多事情。
不在执着于写轮眼，因为那个对于现在已经没有了用处。不在执着于永生，因为他现在几乎就算是永生状态。
以前执着的很多事情，现在都已经没有了意义。
毕竟，他根本无法离开这个世界。
这算是永无止境的监禁吧！大蛇丸这样想到。
不过，就算是已经想开、看开了，他也是渴望出去的。他不想将自己的生命耗在这个无趣的‘囚笼’。
但是，神器的力量可不是灵魂已经虚弱到极致的大蛇丸所能够撼动的。
他的想法也就成了一个奢望。
如果没有意外情况的话，大蛇丸将永远待在这里，直到幻术空间腐朽，或者火影世界毁灭。到了那个时候，如果大蛇丸还没有死去的话，那么他就能够逃出来，去做自己想要做的事情。
但是，大蛇丸仅仅只是一个强大的忍者而已。受伤了会流血，年纪大了会体力衰弱，如果不是大蛇丸开出了不尸转生的话，他可能也要面对与猿飞日斩一样的事情。
利用不尸转生完成了自己不会衰老，‘永生’的野望，但同时也有新的麻烦出现。那就是灵魂层面的永久性损耗，这一点是大蛇丸无法避免的。
正是因为这一点，他才无法在某一个‘容器’当中待过多的时间，需要不断的更换身体。
现在说这些也没有意义，因为这些东西对于大蛇丸来说，都没有价值，没有意义。
不过，就在这个时候，转机出现了。
一股神秘的力量击穿了幻术世界的屏障，将处于幻术世界的大蛇丸包裹住，然后那股力量连同大蛇丸一起离开了十拳剑制造出来的封印世界当中。
当时的情况是这样的。
“想要离开这里，去探索真理，去获取世界的一切吗？”
大蛇丸还没有反应过来，他没有搞清楚自己现在遭遇的状况。
“默认无限使者编号1008611进入无限空间。”