军队驻地轮换同样存在隐患，新过去的军队，对地方不是很熟悉，衔接如果不到位，隐患和矛盾会非常大！顾此、军令堂要在全国范围内设立数个大军区，承担起区域内军队的调度和指挥的任务，同时在行省也要设立相应的军分区，负责配合军令堂和大军区的工作。军区不是统兵机构而是调兵和保障机构，在战时、朝廷会直接任命正式的战事指挥部，集中统兵权和调兵权，平时这两项权责要分明白。”
为了防止军队糜烂，朱由检将军政大员们召集起来，开了个会。准备对现有的军事体系再一次进行调整。调整的核心就在于轮换、升降级、在全国划分几块大军区，以及将统调分离的理念持续深入。
升降级、轮换和划分军区都比较好理解和操作，而这个统调分离，就比较复杂了。什么是统兵权哪？朱由检认为，军队日常得训练和管理，就是统兵权。军令堂这边要编纂各级军队日常训练和管理的大纲，只要是在这个大纲内的活动，都归统兵官负责，军区、军分区的人是不能干预的。而超出这个范围的活动，就是调兵机构的权利了。军队非调不能动！
非调不能动，是为了防止统兵官兴兵作乱，主要适应于非战时。军队进入战斗状态，肯定要统调合一，不然仗都没法打了。
统调分离，到了朝廷这一级别就没什么意义了，所以就合二为一，归军令堂统管。不过从名义上来说，大明中枢朝廷的统兵权和调兵权也是分属于不同机构的。调兵权归军令堂、统兵权归五军都督府，只是这两个机构用的是一个班子而已。
“陛下、全国要划大军区的话，要以什么为原则？”列席会议的朱大典在消化了一下圣意之后，率先提出了自己的问题。虽然这次会议主要涉及的是军事，可划分军区这事太重大了，远不是单纯的军事问题。所以作为首相，他不能置身事外。
“还是以地理区块为首要原则吧，朕的想法是陕甘绥远以及山西设西北军区，云贵川以及广西设西南军区，广东、福建以及湖南设东南军区，湖北、江西、浙江、徽庆以及江南设中南军区，河南、河北、山东以及京畿设直隶军区，云中和辽东设北方军区，首相认为妥当吗？”
“从区域上来说，如此划分倒是可以。老臣以为，最紧要的是这几个大军区的驻地设在何处？一定要去仔细琢磨才行。”
“此事军令堂先讨论一下，形成方案后，交由大司空和首相审议，完了朕再做定夺。”琢磨了一下，朱由检最终决定在军区驻地的选择上，多听听朱大典和吴生的意见。别看就是一个小小的驻地问题，这里边的学问可是大了去了，朱由检自己还真未必将这玩意选好。