因为结石往往是嵌在肾部的肾小盅内的，所以当结石破裂的时候就可能会冲击到周围的软组织，造成损伤。这种损伤跟结石的大小、状况和操作者的掌握以及设备的性能都有很大的关系的。一般来说，结石越大、越硬，损伤就越严重。结石与周围的软组织嵌得越紧密，损伤也越大。另外，设备的定位是否准确，声波冲击的方向选择是否合理，操作者使用的冲击能量是否控制得当，对碎石效果影响和损伤的程度都有非常大的关系。所以，体外碎石对手术医生而言也是一项高技术的手艺活。不同的人，水平不同，碎石的效果千差万别。
结石在输尿管的情况也差不多。但是输尿管造成的损伤（只要不穿孔）预后效果会比在肾区要好得多。输尿管碎石最麻烦的是手术后输尿管的损伤容易造成输尿管粘连。这是输尿管结石采用体外碎石的最大弊端。因此有很多医生认为输尿管结石不要轻易采用体外碎石的主要原因。因为体外碎石是不插管的。输尿管镜手术能够在输尿管保留双j管是保障输尿管术后不粘连的一项高效措施。
因为输尿管做体外碎石如果不发生输尿管粘连，的确是比输尿管镜手术要简单得多，费用也少的多。但是万一发生了粘连，造成的后果可能就要比输尿管镜手术要麻烦得多了。
所以体外碎石的效果跟这些情况关系很大。
但是体外碎石技术的门槛低，一般的医院和医生都可以操作，而且碎石机的性能质量差别也很大。
“一台好的体外冲击波碎石设备，要四五百万元，不仅碎石效果好，而且定位精确，对肾脏损伤小，而小医院、小诊所的碎石机才几十万元，不可同日而语。现在连县乡级医院和个体诊所都在开展体外碎石，一些所谓的碎石中心甚至没有专业的泌尿科大夫，适应症扩大、小病大治、遗漏重要并发症的现象屡见不鲜。体外冲击波碎石到了一个需要规范的阶段了。”一位国内权威的泌尿科医生是这样说的。
所以造成了大量的体外碎石病人得到的治疗效果相差甚远。有很多病人的治疗效果并不好，在不良的体外碎石手术后的几年往往会显露出肾功能受损的情况。这在相当一部分医院和医生中就形成体外碎石效果不好，应该被淘汰的说法。
高鸣觉得其实这也算一种误导了。因为相对的微创手术和输尿管镜手术的门槛就要高得多，一般的低级医院根本就不能做。而且这些手术如果出现事故的后果往往都非常严重，所以手术的医生和医院要求都比较高，医疗规范也要好得多。所以手术成功率就会相对比体外碎石要高很多。
在这方面的论文中，高鸣没有发现有充足和足够说服力的论据能够证明微创手术就一定比体外碎石的术后损伤轻的证明。
实际上，就是今年还有国内著名的医科大学附属医院从国外花了五百多万元进口了一台号称世界最先进的体外碎石机。
负责这个项目的一个国内顶级泌尿科专家介绍这台碎石机就是这样介绍的：
“这台碎石设备应用了一系列最新技术和人性化设计：首先，能量集中，对结石粉碎效果最强，对肾脏组织及其他软组织损伤最小；其次，定位精确，同时具有x线和b超双重定位系统，确保结石不遗漏；再次，治疗深度最深，治疗深度从1厘米到150厘米，是目前世界上治疗深度最深的机器，解决了体形肥胖患者无法做体外碎石的问题；最后，多尼尔碎石机具有世界上独一无二的震波头电动遥控技术，可以使震波头运动至任何位置，使患者在最舒适的仰卧状态下也可碎石，而不必像老式碎石机那样来回移动身体。”
在全国医院都在大量淘汰体外碎石的时候，这间医院却花重资购进这台先进的碎石机，说明体外碎石不一定就是落后的淘汰医术的。