农民军从河内登上太行山，文诏在泽州打败了他们，农民军逃往潞安曹，文诏到阳城遇到农民军没有打击它，而是从沁水偷偷地出兵拐回来，在芹地、刘村寨袭击他们，斩获了千余首级。农民军屯兵润城，另外的队伍又打下了平顺，杀害了知县徐明扬。曹文诏一到，农民军就撤退了，于是曹文诏半夜里袭击润城，斩获农民军一千五百人。紫金梁、老回回从榆社逃往武乡，过天星逃往高泽山，曹文诏都赶去把他们打败了，另外的农民军围攻涉县，听说曹文诏打下了黎城，就赶忙解围离去。
朱由检派宦官孙茂霖做曹文诏军中的中军官，农民军攻打沁水，曹文诏把他们打得大败，活捉了他们的首领大虎，又在辽城毛领山西面打败了他们。农民军在屡次战败的情况下，避开曹文诏的主力，大都流向黄河以北去了。朱由检于是命令文诏移兵前去讨伐，而农民军已在林县打败了邓玘的军队，曹文诏率领五营兵力夜晚出袭，打败了他们。又在柴陵村打败了怀庆的农民军，斩杀其首领滚地龙，又在林源追杀了老回回。
曹文诏在洪洞时，同当地休闲在家的御史刘令誉不和。到这个时候，刘令誉来按察河南，四川石石主土官马凤仪的军队在侯家庄被打败，靠着曹文诏的快马赶到才打退农民军。战斗结束后曹文诏刚刚解甲休息，同刘令誉见了面，说话又不投机。曹文诏拂衣而起，当面斥责了他。刘令誉恼了，就把凤仪的败亡作为曹文诏的罪过，兵部认为曹文诏仗着打了几回胜仗就骄傲起来了，于是把他调往大同。
清军入关西征插汉，回师时就随便进入了大同境内，攻占了得胜堡，参将李全自杀身亡，于是就围攻怀仁县以及井坪堡、应州等地。曹文诏同总督张宗衡先驻扎在怀仁坚守，怀仁解了围，就移兵驻扎在镇城，向清军挑战，失败而回。后来，灵丘以及其他屯兵的城堡大多失陷，清军凯旋而归，朝廷评定各将的罪过，曹文诏、张宗衡以及巡抚胡沾恩一同被定罪充军到边地的卫所。命令刚下达，山西巡抚吴生生就上书推荐文诏知兵善战，请求把他安排到山西来，于是朝廷命令他做援剿总兵官，让他立功赎罪。
这个时候，河南的战祸尤其厉害，朱由检本来已经同意了兵部的意见，又传令让曹文诏率兵紧急前往河南剿贼。吴生生又抗言上书力争，请求让曹文诏先平定山西的农民军，然后进军河南，朱由检没有同意。然而，曹文诏因为吴生生对自己有恩，最后还是取道太原，被吴生生留住了。
山西的农民军首领高加计已被歼灭，而凤阳失陷了，曹文诏于是整顿军队南下，洪承畴在信阳相会。洪承畴非常高兴，立即就让他到随州进攻农民军，曹文诏追杀农民军三百八十多人。洪承畴驻扎在汝州，因为农民军全跑到关中去了，决定回头先铲除农民军的老巢，于是分别命令各位将领把守要害，发布檄文召曹文诏入关，曹文诏于是骑马到灵宝拜见洪承畴。
洪承畴认为农民军在商州和雒南两地，如果听说明军过去，一定会先逃往汉中，那时大军由潼关进入汉中，反而会落在农民军的后面。于是，命令曹文诏从阌乡取山路到商州和雒南，直捣农民军老巢，然后再从山阳、镇安、洵阳等地赶到汉中来，阻止他们逃跑，并且对他说：“这次行军，道路迂回曲折，路程遥远，将军很辛苦，我聚集关中的兵力等待将军的到来。”然后亲切地拍着他的背为他送行，曹文诏二话没说就前去了。
曹文诏抵达商州，农民军距城三十里，军营的灯火遍山都是。曹文诏半夜率领侄子参将曹变蛟，守备官曹鼎蛟，都司白广恩等在深山老林中打败了农民军，追赶到金岭川。农民军仗着险要地势以一千名骑兵出来迎战，曹变蛟大声呼叫着冲进敌阵，各路兵马一同向前，农民军又大败逃亡。曹变蛟勇冠三军，农民军中一听说大、小曹将军，都非常畏惧。
没过多久，闯王高迎祥、八大王张献忠率领的各路农民军攻打凤翔，向汧阳、陇州挺进，曹文诏从汉中奔赴前线，农民军都奔向静宁、秦安、清水、秦州一带，兵力将近二十万人。洪承畴因为文诏的兵力同张全昌、张外嘉的兵力加在一起也只有六千人，两方实力悬殊，于是向朝廷告急，却没有得到任何指示。
明军在乱马川同农民军相遇，前锋中军刘弘烈被抓获，副将艾万年、柳国镇又战死。曹文诏听说后，瞪着眼睛大骂，立即赶到承畴那里请求进军作战。洪承畴高兴地说：“不是你曹将军，没人能消灭这股农民军，但我的兵力已分派出去，没法派出接应你的队伍。将军出发以后，我会从泾阳赶到淳化做你的后盾。”曹文诏于是率领三千人从宁州进军，在镇宁的湫头镇同农民军相遇。
曹变蛟率先登上城墙，斩首五百人，追敌三十里，曹文诏率领步兵跟在后面，农民军埋伏下的数万骑兵突然出来包围了他们，箭像刺猬的刺一样密集。农民军并不知道是曹文诏的军队，有一名小兵被俘后捆绑得心急了，大声呼叫说：“将军快来救我！”农民军中间的叛兵认识曹文诏，指点给农民军说：“这就是曹总兵。”农民军高兴起来，就更加紧了包围圈。曹文诏左右跳荡，亲手杀了几十个农民军，辗转拼战了几里路，最后体力不支，拔刀自杀而死，游击将领自平定以下死亡的有二十多人。
洪承畴听说这个消息后捶胸痛哭，朱由检也为他痛心，追赠他为太子太保、左都督，赐予祭葬的恤典，让他的子孙世袭指挥佥事的官职，并命令有司为他立了庙，每年春秋两季予以祭奠。曹文诏的忠诚、勇武，世间无比，被称为明末良将中的第一人，对于他的死，农民军中相互庆贺。