南朝藏书家多有藏书目录。南朝梁任昉编成了最早的私人藏书目录。《梁书》卷十四《任昉传》：“昉坟籍无所不见，家虽贫，聚书至万余卷，率多异本。昉卒，高祖使学士贺纵共沈约勘其书目，官所无者，就昉家取之。”《七录序》：“凡自宋齐以来，王公缙绅之馆，苟能蓄聚坟籍，必思致其名簿。”古籍文献的流传，无论内容或形态均不免发生一些变化。《汉书·艺文志》中着录的书籍，到梁代阮孝绪编定《七录》的时候已经亡佚了552家，仅存44家。
即使《史记》，西汉时已有缺佚，汉元帝、汉成帝时博士褚少孙曾补撰，班固修《汉书》时“十篇缺，有录无书”。《史记》及《诗经》这种流传有绪的重要典籍，尚且会发生散佚，可以推知，散佚文献之量绝非小数。所以马端临《文献通考经籍考序》：“汉、隋、唐、宋之史，皆有艺文志，然《汉志》所载之书，以《隋志》考之，十已亡其六七；以《宋志》考之，隋、唐亦复如是。”先秦古籍保存的，不到原有的百分之一。
辩古说之真妄者，孟子发其端，王充畅其绪，至唐刘知几为《史通》，有疑古、惑经二篇。清崔述着考信录，竟谓战国、秦、汉之书皆不可信矣。今考诸子学说，自前汉刘向父子作《别录》《七略》，已辩及子书之真伪。其所谓依托者，必古人有此学说，而后人传之口耳而着录之。如孔子春秋之说，口授子夏，子夏亦口传与公羊高，又四传至汉景帝时，公羊寿乃共弟子胡毋生都着于竹帛，是也。前清末叶，习训诂学者，奉《尔雅》为圣经；习今文学者，守公羊为宝典。独至诸子之出于依托或增加者，则群斥为伪书。《文史通义·诗教上》章学诚“不知古初无着述，而战国始以竹帛代口耳，实非有所伪托也。
关于古籍结构的演变，李零《简帛古书与学术源流》做过形象的比喻，“战国秦汉的古书像气体，种类和卷篇构成同后世差距很大；隋唐古书好像液体，虽然还不太稳定，但种类和构成渐趋统一；宋以后的古书则是固体，一切定型，变化多属誊写或翻刻之误”。
熊铁基在《刘向校书详析》中说：后世流传乃至我们看到的西汉及其以前的古书，其篇章、文字甚至某些书名都是刘向他们校定的。当时几乎所有的图书都经过了他们的理解、认定乃至改造，当然免不了打上时代的烙印。但是长期以来这一点未得到充分认识，以为后世所读的先秦古籍就是原来的样子，这就难免产生这样那样的误解，得出与历史真实不符的结论。历代学者中有不少人发现了一些问题，于是产生疑、辨，因而有指伪之作。从现存的《书录》及有关记载看，有的书完全是新编定的。如《列子书录》……可见刘向完全新编了一部《列子》书。