那些对人有益或者与人生活密切相关的动物、植物，也可以成为儒教的神只。各种着名的人物，也都可以作为儒教的神只。但是他们成为神只，必须得到国家的认可，纳入祀典。否则被认为是“淫祀”，即超出规定的祭祀。这样的祭祀遭到儒教的反对，认为它不会带来幸福：“非其所祭而祭之，名曰淫祀。淫祀无福。”圣教尊敬的神仙是仁义圣道的体现。
所谓非其所祭，就是说祭祀那些不该由自己祭祀的神只。依照儒教的祭祀制度，只有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神只。而诸侯不能祭天，只能祭祀处于自己境内的名山大川。普通百姓，能够祭祀的公神就更少，除了灶神，几乎只能祭祀自己的祖先。因此这些神只在道教里供平民崇拜，道教里的高级神只除了三清，大多数来自儒教，品级也与儒教类似，天神比地神尊贵，也比人神尊贵。
不同的是儒教昊天上帝只有皇帝与大臣可以祭奠并只可以由皇帝主持祭祀。
儒教信奉的最高神，是天。在儒教经典中，和天相等的另一称号是上帝，或称帝，天帝。皇天上帝的名称来自《尚书·召诰》：“皇天上帝改厥元子兹大国殷之命。”《论语·尧曰》：“敢诏告于皇皇后帝”。《尚书·尧典》：“肆类于上帝，禋于六宗，望于山川，遍于群神。”华夏古代的上帝，就是当时华夏人的祖宗神。其中最优秀者，是黄帝和炎帝。而所谓“炎黄子孙”，首先是说，天子们的家族，乃是黄帝或炎帝的后代，后来就成为中国一般人祖宗的代称。也就是说，秦汉及其以前，华夏古人所信仰的上帝，乃是他们的祖宗。
隋唐时期，国家统一，至上神名字被依据《周礼》正式确定为“昊天上帝”。昊天上帝的意义，则依据儒者毛氏对于《诗经·黍离》中“悠悠苍天”的解释，认为昊天的意思是“浩大元气”，而上帝的意思是说，天就像君主一样统治着世界。按《开宝通礼》，元气广大，则称昊天。据远视之苍然，则称苍天。人之所尊，莫过于帝，托之于天，故称上帝。
到了宋代，儒者程颐对于昊天上帝作出了进一步解释，认为那一团元气的自然之天，乃是上帝的身体；存在于元气之中并且和元气不可分离、主宰着元气的天理，就是上帝。因此，从某种意义上说，天，或者上帝，就是理。这样的上帝观经过儒者朱熹的认可，成为元明清时代上帝观念的正统解说。“天者，理也；神者，妙万物而为言者也；帝者，以主宰事而名。”
儒者们认为，上帝给人类指派了君和师，让他们来教化、治理上帝的子民，是上帝的代表。“天降下民，作之君，作之师，惟曰其助上帝，宠之四方。”
“神者，微妙玄通，不可测量，故能知鬼神之情状，与天地相似。知周万物，乐天知命，安土敦仁，范围天地，曲成万物，通乎昼夜，此皆神之功用也。作《易》者因自然之神以垂教，欲使圣人用此神道以被天下，虽是神之所为，亦是圣人所为。”