“神道微妙，寂然不测。人若能豫知事之几微，则能与其神道合会也······言凡物之体，从柔以至刚，凡事之理，从微以至彰，知几之人，既知其始，又知其末，是合于神道，故为万夫所瞻望也。万夫举大略而言。若知几合神，则为天下之主，何直只云万夫而已，此知几其神乎者也。”“圣人之神道设教，观乎天而得之，一阴一阳之谓，道阴阳不测之谓。神天之所以为天也，天何言哉，四时行焉，百物生焉，圣人垂衣裳而天下治，盖取诸乾坤，圣人之所以为神也。”“阴阳所育，禀气呈形，鼓之以雷霆，润之以云雨，春夏以生长之，秋冬以杀藏之。斯则德刑之设，着自神道。圣人处天地之间，率神只之意。”
君王是昊天上帝之嫡长子，其权力出于神授，是秉承天意治理天下，故称天子。君王本身就是政教合一的最高权威，垄断了世俗与精神世界的权力。儒教教义的最终解释权始终是通过科举考试掌握在皇帝-官僚手中的。
孔子死后第二年，鲁哀公下令在曲阜阙里孔子的旧宅立庙，即曲阜孔庙。孔子生前所住的三间房屋改成寿堂，将孔子生前使用的衣、冠、车、琴、书册等保存起来，并且按岁时祭祀。这是诸侯祭孔的开始。汉初，刘邦路过孔子家乡，曾经祭祀过孔子，然而那仅仅是个人行为，是一个后人对于先圣或者先贤的崇拜。西汉中期，天灾频发，社会动乱。儒者梅福认为，这是由于未能妥善安排对于孔子的祭祀，因而上天发怒。当时的国家政权接受了梅福的提议，封孔子为商汤的后代，接续先王的祭祀。到东汉，国家才正式把孔子作为国家的公神，其地位和社稷神同等。唐代，命令每个县都要建庙祭祀孔子。每年春秋两次大祭，每月初一和十五两次小祭。大的祭祀起初由学官主持，后来改由地方官主持。唐代以后，孔子的地位不断提高，对孔子的封号也不断增加。清代，孔子祭祀一度成为和上帝、和国家的祖宗神同等级别的“大祀”。
孔子是国家公神，儒者们的宗教地位普遍较高。唐代为孔子设立“从祀”即陪同享受祭祀的制度。最早选中陪同孔子的，是22位对于注释儒经有重大贡献的儒者，后来扩大到孔子的所有弟子和历代着名的儒者。宋代，从祀制度逐渐完备起来。其最高的有四位，被称为“四配”，他们是颜回、曾参、子思和孟轲。其次是“十哲”，孔子的十个优秀弟子。“德行：颜渊，闵子骞，冉伯牛，仲弓。言语：宰我，子贡。政事：冉有，季路。文学：子游，子夏。”再次是“先贤”，祭祀那些亲自接受孔子教导的弟子们。最后是“先儒”，祭祀孔子弟子以后历代最优秀的儒者。而后来的儒者，也以死后能够进入孔庙成为先儒为最高的荣誉。