儒教百神，组成像人间官僚系统那样的等级体系。每个神的品级、爵位，一般说来是由儒者规定的，并载入国家祀典。平素，它们依照规定，享受一方祭祀，如同诸侯有封地和食邑；大祭时，则依品级配享而从祀于天坛之上。不入祀典的，被称为“淫祀”。
“以共皇天、上帝、社稷、寝庙、山林、名川之祀”。天上的星星，地上的山河湖海，原则上都是儒教的神只。各种自然现象，风雨雷电等，也是儒教的神只。那些对人有益或者与人生活密切相关的动物、植物，也可以成为儒教的神只。各种着名的人物，也都可以作为儒教的神只。但是他们成为神只，必须得到国家的认可，纳入祀典。否则被认为是“淫祀”，即超出规定的祭祀。这样的祭祀遭到儒教的反对，认为它不会带来幸福：“非其所祭而祭之，名曰淫祀。淫祀无福。”
所谓“非其所祭”，就是说祭祀那些不该由自己祭祀的神只。依照儒教的祭祀制度，只有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神只。而诸侯不能祭天，只能祭祀处于自己境内的名山大川。普通百姓，能够祭祀的公神就更少，除了灶神，几乎只能祭祀自己的祖先。孔子是国家的公神，但是按照规定，只能由儒者进行祭祀。官员可以祭祀孔子，因为独尊儒术的国家，官员一般也都是儒者。“凡始立学者，必释奠于先圣先师天子视学，也须祭先师。天子出征归来，要向先师行献俘礼，报告成功。”
在历史上，儒教国家对于民间不断兴起的神只祭祀，一般有三种态度。
其一是将它们“招安”，收归国有。其中最为显着的是城隍、关帝、梓潼神文昌和妈祖。
其二是禁止。历代都有作为国家官吏的儒者，其中如曹操、狄仁杰等，禁止他们认为危害社会安定、危害人民健康的神只祭祀，拆毁庙宇，破坏神像。
其三是不收不禁，在国家遭遇大难大灾时，甚至也会委派国家官吏去向这些神只祈祷。
儒教自汉代以来被奉为官学。在华夏古代，儒教始终居于社会或国家思想的统治地位。个别皇帝或国家官吏崇拜佛教、道教，仅仅是个人的行为，而不代表国家。华夏古代国家，从汉代开始，一直是把儒教教作为国家宗教。
儒教的意思，就是儒者们所从事的教育、教化。这个教育、教化，不仅是指学校贵族教育，而且是对广大民众进行教化。这个教，也不是现代意义上的教育，而是借助神只进行教育教化，即“神道设教”。照儒者们的解释，这句话的意思是，用神道教育民众，民众容易接受和服从。后世有人把这句话解释为儒者们自己不信神只，而仅仅用神只来教育民众，乃是对儒教的误解。现存所有的儒教文献，都找不到儒者们不信神只的记载。儒者们有时抨击或否认某些低级的神只，那是为了维护更高的、更加重要的神只信仰，就像基督教、都常常抨击该教之外的神只一样。