众官听了，大吃一惊，他们简直怀疑这是不是万历说出来的。5年前，小皇帝不过是一个乳臭未干的咿呀小儿，整天跟在冯保后面，唯唯诺诺。刚才的一席话，如黄钟大吕，惊雷震耳，字字口齿清丽，句句有理有据。在场的人无不惊讶万端。
“皇上大了，不是呀呀小儿了。往后可得小心点儿。”万历这番话，顿时使百官刮目相看，他的形象在人们心目中也威严了许多。
一场反对张居正“夺情”的风波，就这样以大四位大臣接受“廷杖”宣告结束。
初看风浪暂静，谁知风波又起。当天，即将卸任的吏部尚书张瀚回到家里，展开邹元标的“请假条”一看，这一惊又非同小可：是一份比前几人措词更为激烈的奏疏。
张瀚霎时吓出了一身冷汗。第二天，他不敢怠慢，又交了上去。隔了两天，东厂校尉将邹元标逮了起来，执行了一次没有群臣在场的“廷杖”。东厂派虎狼之徒将邹元标杖打一百。邹元标奄奄一息。
两次“廷杖”完，先后把接受“廷杖”的5人扔出午门外，任家属收治。
赵用贤身体本来肥胖，屁股上被打得鲜血淋漓，还溃落下一块巴掌大的肉。妻子冯氏把这块肉风干，腌成腊肉。每当他头生“反骨”，想向朝廷提意见和建议之时，妻子便拿出这块他身上掉下来的肉，苦苦地劝诫他。
这一招果然有效，赵用贤看见这块肉，心中便哆嗦一次，再也不敢轻易提意见和建议了。
吴中行被抬回家后，昏死过去。中书舍人秦余山替他找来名医，吃下一粒药丸才苏醒过来。过了两个多月，5人的伤才最后痊愈，一个个非瘸即拐，都留下了残疾。没几天，万历又下了圣旨，将吴中行、艾穆、赵用贤削职戍边；邹元标、沈思孝流放到贵州瘴疠之地神电卫。
“廷杖”之前，侍讲于慎行、田一隽、张位、赵志皋，修撰习孔教、沈懋学等曾上疏解救，均被驳回。南京御史飞马赶来疏救，亦遭痛斥。没几天，王锡爵、于慎行、田一隽、张位、赵志皋、习孔教沈懋学等人都递上辞呈，称病回乡。万历没有丝毫挽留之意，即时放归。
就这样，一场“倒张”的风暴终于被无情地镇压下去了。
万历恐张居正仍对葬父之事萦绕于怀，便遣司礼监魏朝同其子张编修、懋修前往湖北江陵老家主持丧礼，并遣礼部主事唐诰治祭，工部主事徐应骋治丧。
风暴刚过，张居正唯恐群臣仍嫉恨自己，便在过完“七七”之后，怀着一种复杂的心情向万历提出五个条件：
第一，“七七”守丧期间，所有应支薪俸，概行辞免；
第二，所有祭祀礼品，概不接受；
第三，入侍讲读、在阁办公，俱容青衣角带；