起初，万历未置可否。毕竟人心都是肉长的，冯保长期对他提携抱袍，他不可能一朝忘怀。从小对他的教诲，心中尚有一些印象。这些，都不是一句话就能磨灭的。
后来，经不住张诚、张鲸他们天天在耳边鼓噪，万历皇帝的心灵天平慢慢倾斜：他慢慢回忆起冯保依仗太后权势，又勾结张居正扳倒高拱，其后威权自专，为非作歹的丑事。他由爱生恨，心中暗暗打定了主意。
他在不动声色地等待时机。凡事应有过渡，没有过渡，一切都不会酝酿成熟。
时机终于来了。这天，万历接到了都察院御史江东之的一封奏疏，弹劾冯保同党锦衣卫同知徐爵。疏中言及吏部尚书梁梦龙（字乾吉，真定人）贿赂徐爵得官，又论及徐爵招权纳贿、卖官鬻爵和种种污秽行为。
万历马上批示道：逮徐爵入狱论死。
剪除了冯保的同党徐爵之后，万历侍机收拾冯保。
弹劾冯保的疏文接踵而来。御史李植呈上洋洋千言，罗列冯保十二大罪状。万历看了极为震怒。自从他心中的天平倾斜之后，眼前没有手握生杀大权的张居正从中作梗，母后又全部身心沉浸到佛教的麻醉、神秘气氛中。这种气氛让她不再关心当世的恩怨，而特别看重来世的幸福与不幸。
在这种情况下，万历皇帝感到身边再也没人来指挥、制约他，顿感皇帝地位的至高无上，手中大权也变得更加显赫与随意。
他略加思索，在奏疏中批道：“将司礼监东厂提督冯保免去官职，贬到南京衙门当看门人。抄没其家产。”
写完，他得意地笑了笑。
万历一声令下，禁卫军如猛虎般包围了冯保宅第，抄了他家全部家产，仅是金子就价值8万两，银子价值30万两，尚有珠宝价值十几万两，全部予以没收。看着黄澄澄的金子、白花花的银子，他欢喜不尽。
万历冷笑道：大伴啊大伴，你做梦也不会想到还会有今天！想当年，你是何等耀武扬威啊，处处挟制和威慑着我。今日，你纵有天大的本事也回天无力，你得乖乖地离开京城，去那个边远地方服苦役！真是沧海桑田，此一时彼一时啊！
冯保满含着依恋之情离开了他居住了30多年的府第。临出门前，他老泪纵横地跪在地上，朝北边皇宫方向磕了几个头，默默地说：“皇上，你好狠心啊。我服侍你多年，不说功劳也有苦劳吧，到头来却是过河拆桥、卸磨杀驴！啊，天哪，到哪儿去讲道理呀？”
叫天天不应，叫地地不语。
冯保跌跌撞撞地跟随押送他的太监出了门，踏上了吉凶未卜的流放之途。