君臣的位置似乎是颠倒了。这难道应该允许吗？
当然，从理智上说，他知道张居正和冯保与他的母亲李太后目标是一致的，是想把他培养成一个年轻有为的圣明皇帝。他也知道，他那时年龄还小，确实需要有人耳提面命。可是，在感情方面他常常难以接受。
更使他难以接受的是，在发现他“夜游”和逼近侍唱曲、“割发代首”那件事后，张居正竟然那样粗暴而不近人情，毫无通融地将他最宠幸两个太监张鲸和张诚调往外地，使他失去了玩耍和娱乐的一切机会。
想到此，万历心中的怒火“呼”地升了上来。我堂堂的大明皇帝，竟然被一个大臣（张居正）和一个太监（冯保）耍弄得团团转，简直到了俯首贴耳、唯唯诺诺的地步！一种被侮辱、被耍弄、被欺骗的感觉，瞬时转化为不可遏止的怒火。
况且，羊可立的奏疏上说，张居正招权纳贿，滥用私人，将巨额金银财宝悉数攫进自己家中，这实在令人气愤。这些事情，怎么自己竟然一点也不知道？
一想起在冯保府上抄出的黄澄澄的金子、白花花的银子、五彩缤纷的珠宝，万历的两眼放光了——他本是个喜爱钱财的人，过去有人挟制着，他占有钱财的欲望被压缩进心房的最底层。今日不同往日，沧海早已变为桑田。溥天之下，莫非王土，率土之滨，莫非王臣。浩荡四海，都归我万历所有。今后，谁敢藐视我、压制我的欲望，我就让他的脑袋搬家！
羊可立追劾张居正的奏章呈上之后，万历对此态度暧昧，斟酌再三，迟迟不肯批复。
张居正的政敌们似乎窥见了万历皇帝心中的隐秘世界。他们连篇累牍，弹劾的奏章雪片似的飞向朝廷。大多数情绪激烈，言词犀利，举证确凿。似乎在帮他下定最后的决心。
不由得万历不信。特别是奏章中所说的“辽王府的金银财宝悉入张居正家”一句，将万历皇帝心中的怒火越煽越旺。想不到这个满口仁义道德的谦谦君子，骨子里竟是这样的卑鄙小人！
如果说他对张居正的教诲笃信不疑的话，那么他对张居正的言行产生了怀疑。哼，原来这家伙是说一套做一套，表面上仁义道德，背后也做下了这许多见不得人的事。这一下，张居正的高大形象在他心中訇然倒塌。
他“呼”地拿起御笔，在羊可立的奏章中写道：“诏即追夺张居正的上柱国太师，削去谥号。”
写完，万历的心中怒火似乎平息了一些。
接着，他又给吏部写了手谕，责成吏部将张居正的三亲六故、心腹之人及经他一手提拔上来的张学颜等人统统削去官职，驱逐出宫，永不续用。
将反对张居正“夺情”而遭到惩处的吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、邹元标等官员，重新召回朝中，官复原职，有的还有升迁。