一旦皇上采纳了他的建议，他们背后那些欺上瞒下、横行不法、贪污受贿的肮脏事被抖擞出来，轻则被摘掉乌纱，重则可能被从严惩除，性命难保……这不能不引起他们的恐慌。这是一场你死我活的斗争，胜者将官升三级，扬眉吐气；败者将被贬黜，一败涂地。
他们背后密谋策划，千方百计欲置南星于死地。
给事中李春开首先跳出来攻击赵南星。他先后连续抛出两篇疏文，恶意攻击南星。说南星资历浅薄，高傲轻狂：初入仕途，不明事理，却指手划脚。其后，詹仰庇、吴时来、黄洪宪等人像恶蝇般蜂涌而上，嗡嗡营营，一齐反对南星。
此时，面对詹、吴、黄等人的恶意攻击，“好好先生”申时行也没了主意，对南星的态度也发生了动摇。
万历皇帝不辩是非，听信了那些奸佞小人的话，打算将南星削职回籍。当时的局面，大有正不压邪、群凶逞狂之势。
然而，代表正义一方的官吏也在组织反击。正当万历皇帝让内阁草疏圣旨，欲驱逐南星之时，正派官吏给事中王继光、史孟麟、万自约，吏部同僚顾宪成，南星手下的官吏姜士昌、吴正志等人接二连三地呈上奏章，为南星辩白，帮助南星反击李春开、吴时来、詹仰庇等人。
申时行性格懦弱，左右摇摆，凡事既不敢做，也不敢当。他一看两个对立方面唇枪舌剑，你来我往，旗鼓相当，都不好惹。偏向哪一方，也会引起另一方的激烈反对，对自己的执政前景都不利。
这件事让他伤透了脑筋。如果把赵南星一撸到底，贬回老家，势必引起“东林党”一方的强烈反对；如果让赵南星继续留在朝中，邪派官吏们便会继续兴风作浪。弄不好，还会影响自己在万历皇帝心目中的形象！
老奸巨猾的申时行想了好几天，终于让他想起了一个“折衷”的好主意：把赵南星贬为官职低微的地方小官。这样做的好处是：一是让他远离朝廷，邪派官吏认为是拔去了“眼中钉”、肉中刺，其后想捣蛋也失去了理由；二是赵南星年轻有为，何时条件适合，自己大权在握，再把他提拔上来岂不是小菜一碟？想好之后，借向皇上请安之机对万历说了此事。
万历这些年只迷恋于后宫欢乐，对提拔、贬黜一两个官吏的事根本不感兴趣。听申时行一说，便随口答应。
申时行马上命人写了一道奏章，将吏部考功郎中赵南星贬为云南省一个偏远小县的县令，送万历皇帝朱批后执行。万历皇帝也为了尽早摆脱纷争，命他早日离京赴任。
初试锋芒，就遭受如此严重的挫折，对南星的精神打击很大。本来，他是抱着极大的政治热情和改革社会的决心来上疏言事的，这其间并无半点个人恩怨，他甚至同詹仰庇、吴时来之流并不认识，他只指望痛陈时政利弊得失，以期引起朝廷注意，制定一些切实可行的措施来改革社会，扶正祛邪，校劾痼疾，使社会重返正道。