十九年（癸卯，公元43年）
春季，正月庚子（十五日），刘秀追尊宣帝刘询为中宗。开始在太庙祭祀昭帝、元帝。在长安祭祠成帝、哀帝、平帝，在章陵祭祀刘秀高祖父舂陵节侯刘买及以下的先人。长安、章陵两地的祭庙，全由当地太守、县令、县长负责侍奉祭祀。
马援诛斩征侧、征贰姐妹。
贼寇单臣、傅镇等聚众进入原武城，自称将军。刘秀下诏，命太中大夫臧宫率兵包围原武城，屡次攻城不克，士兵有不少伤亡。刘秀召集公卿、诸王询问方略，众人都说：“应该提高悬赏价格。”唯独皇子东海王刘阳说：“这群人被妖师、巫师所胁迫，势必不能长久。其中一定有后悔想逃跑的，只是外面围攻太急，不能逃走罢了。
应该稍稍放松，让他们能够逃亡。逃亡溃散，有一个亭长就可以对付了。”刘秀认为说得很对，命臧宫撤围，放走贼兵，于是贼军四散。夏季，四月，攻陷原武城，斩杀单臣、傅镇等。
马援进军追击征侧余党都阳等，追到居风，都阳等投降，峤南全部平定。马援向越人申明原有的制度，约束他们。从此以后，南越土着一直奉行马援的规定。
闰四月戊申（二十五日），赵公刘栩、齐公刘章、鲁公刘兴都晋封为王。
郭皇后被废，皇太子刘强心不自安。郅恽劝告太子说：“长久地处在不稳定的位置上，上违背孝道，下靠近危险。不如辞去太子之位，以奉养母亲。”刘强听从劝告。多次托刘秀左右亲信和诸王表达他的诚意，希望退居藩国。
刘秀不忍心这样做，迟疑徘徊了几年。本年六月戊申（二十六日），刘秀下诏：“《春秋》大义，选立继承人，以身份高贵为标准。东海王刘阳是皇后之子，应该继承皇位。皇太子刘强，坚决谦让，愿退居藩国。出于父子之情，难以长久违背他的愿望。今封刘强为东海王；立刘阳为皇太子，改名刘庄。”
袁宏论曰：设立太子，为的是尊重宗法统绪，统一民心，如果不是对天下有重大罪恶，就不该变动。光武帝中兴汉家大业，应当遵循正道以作为后世的楷模。
如今太子的德行对外无所亏损，对内又多得恩宠，将嫡子改易位次，可以说是一个失误了。然而东海王刘强归于藩王地位，谦恭的心更加豁亮；明帝刘庄承继大统，对兄弟的情谊更加深厚。虽然长幼位置改变，一兴一废结局不同，但是父子兄弟之间，存在着真情，没有隔阂。即使以三代之道来处理，又怎能超过呢！
刘秀任命皇太子刘庄的舅父阴识代理执金吾，任命另一位舅父阴兴当卫尉，一齐辅导太子。阴识天性忠厚，在朝廷中虽然直言正谏，但等到和宾客们一起谈话时，从不涉及国事。刘秀敬重他，常常指着他告诫皇亲贵戚，勉励左右仿效。
阴兴虽然礼贤下士，乐于助人，但宾客中没有豪杰侠客。他和同郡人张宗、上谷人鲜于裒关系不好，但知道他们对国家有用，仍然称赞其长处推荐他们做官。友人张汜、杜禽，和阴兴交往很深，阴兴认为他们华而不实，都只在钱财上帮助他们，始终不替他们说话，所以世人称赞他对国家的忠诚。刘秀任命沛国人桓荣当议郎，命他教授太子儒家经典。
刘秀亲自到太学，召集众博士在他面前讨论问题，提出质疑。桓荣辩析和阐述经典的精义，每每以礼让的态度使人折服，不以言辞锋利压倒对方，其他儒家学者都赶不上他。刘秀对他特加赏赐。刘秀又命学生们一面击磬，一面唱儒家的雅歌。一整天才结束。
刘秀让左右郎将汝南人钟兴教授皇太子和宗室诸侯爵读《春秋》，封钟兴为关内侯。钟兴以自己没有功劳而推辞。刘秀说：“你教训太子和亲王侯爵，不是大功劳吗？”钟兴说：“我是从师于少府丁恭。”刘秀于是又封丁恭为关内侯。而钟兴则坚决推辞，没有接受。
陈留人董宣担任洛阳令。刘秀的姐姐湖阳公主的奴仆白天杀人，就藏在公主家里，官吏不能逮捕他。后来公主出门，让这奴仆陪同乘车。
董宣在夏门亭等候，叫车停下，上前扣住了马缰绳，用刀划着地，大声数落公主的过失，怒喝那奴仆下车，接着就杀死了他。公主立即回宫告诉了刘秀。刘秀大怒，召董宣前来，要用刑杖把他打死。