董宣叩头说：“我请求说句话再死。”刘秀说：“打算说什么？”董宣说：“陛下圣德，复兴汉室，却放纵奴仆杀人，将怎么治理天下呢？我不等着被打死，请让我自杀吧！”就头撞大柱，流了一脸血，刘秀命太监拽住他。后来让董宣叩头向公主道歉，董宣不服从，就叫人使劲按他的脑袋。董宣两手撑着地面，到底不肯低头。
公主对刘秀说：“你当平民百姓的时候，窝藏逃犯，官吏不敢上门来找；现在当了皇帝，威权就不能行使在一个县令的身上吗？”刘秀笑着说：“天子跟平民不同！”接着命令：“硬脖子县令出去！”刘秀赏钱三十万，董宣都分给了手下官吏。从此他能够打击豪强，京城的人，无不震惊害怕。
九月壬申（二十一日），刘秀前往南阳。又前往汝南郡南顿县，设置盛大酒宴，赏赐官民，下令免除南顿县田租一年。父老们上前叩头，说：“陛下的父亲住在本县时间很长，陛下对本县的官俯衙门也很熟悉，每次圣驾来临都赐予厚恩。
愿陛下免除本县田租十年。”刘秀说：“帝王之位是天下大器，常常担心不能胜任，过一天是一天，怎么敢远推到十年呢？”大家又说：“陛下实际是吝惜，为什么要说谦恭的话呢？”刘秀大笑。于是又增加一年。接着，刘秀前往淮阳县、梁郡、沛国。
西南夷栋蚕部落反叛，诛杀地方官员。刘秀下诏，命武威将军刘尚讨伐。大军路过越郡，邛谷王任贵害怕刘尚平定南方边境以后，朝廷的政令和法律必定得以推行，而自己不能再随心所欲，为所欲为，于是聚集军队，筑起营寨，酿制了大量毒酒，想先用毒酒慰劳军队，然后进攻袭击。刘尚得知了他的阴谋，即刻分兵先去攻取邛都，然后袭击任贵，把他诛杀。
二十年（甲辰，公元44年）
春季，二月戊子（初十），刘秀返回洛阳皇宫。
夏季，四月庚辰（初三）大司徒戴涉被指控陷害前太仓令奚涉，被逮捕入狱，处死。刘秀认为三公的职务相连，颁策书免去大司空窦融的职务。
广平忠侯吴汉病重，刘秀亲往探望，问他有什么话要说。吴汉回答说：“我愚昧没有知识，只希望陛下特别谨慎，不要赦免罪犯而已。”
五月辛亥（初四），吴汉去世。刘秀下诏，命隆重安葬，礼仪如同安葬大将军霍光的旧例。吴汉性格刚强有力。每当跟随刘秀出征，刘秀没有安顿好，他就总是小心地侍立。将领们看到战斗形势不利，多数人惊慌失措，失去常度，而吴汉却神态自若，同时加紧准备兵器，激励官兵的士气。
刘秀有时派人去看吴汉在干什么，回报就说正在准备作战进攻的装备。刘秀于是叹息说：“吴汉比较令人满意，他的威重使人感到就像一个敌国。”吴汉每次出征，早上接到命令，晚上就踏上征途，从来没有时间准备行装。及至在朝廷，他处处谨慎，表现在举止和态度上。
有一次吴汉率军出征，妻子儿女在后方购置田产。吴汉回来，责备她说：“军队在外，官兵供给不足，为什么要大量购置田地房舍呢！”于是全都分给兄弟和舅父家。吴汉因此能够终身任职，享有功名。
匈奴入侵上党郡、天水郡，到达扶风进犯。
刘秀被一种头痛目眩的病所折磨，病得很严重。任命阴兴兼任侍中，在云台广室向他托付身后之事。等到病好以后，刘秀召见阴兴，打算让他接替吴汉担任大司马。阴兴叩头，流着眼泪，坚决推辞。他说：“我不敢爱惜自己的生命，实在是担心有损于陛下的圣德，所以不能随便冒充。”诚意发自内心，感动了刘秀左右的侍从，刘秀于是依从了他。
太子太傅张湛，自从郭皇后被废之后，便称病不再上朝。刘秀勉强他上朝，要任命他当司徒。张湛说自己病得很重，不能再担任朝廷官员，坚决推辞。
于是刘秀把他免职。六月庚寅（十四日），刘秀任命广汉太守河内人蔡茂当大司徒，任命太仆朱浮当大司空。