停战协定签署后，华军便立即停止了军事行动。参谋部安排各集团军接收清朝移交的地方政权。第五集团军进驻四川宁远府，第七集团军进驻成都府。第一近卫集团军进驻贵阳府，第二近卫集团军则撤往湖北襄阳府驻守。
至此，在江南，华国占领了除云南外的所有省份，计有浙江、福建、广东、广西、湖南、江西、贵州、四川共八省，以及江苏、安徽的江南部分。
在江北，则占有湖北全省、陕西的兴安府和汉中府、安徽的庐州府和安庆府。可以说，中国的经济大省以及产粮大省全部掌握在华国手中，清廷的败亡只是时间问题。
于是，吴天佑的目光转移到华国今后如何发展的问题上面。现在，摆在吴天佑面前有三大问题：第一，如何安置太平天国和吴天佐；第二，如何控制西北、控制新疆；第三，就是华国的首都应该应该定在什么地方，才能更好地控制全国。
现在海军有了，虽然战力未知，不过打击海盗，护航船队去东南亚问题不大，安置太平天国和吴天佐的左五军去南洋的条件已经成熟。所以，当务之急是如何尽早将他们安置出去。
至于海盗，华国的南方舰队和太平洋舰队正在四处找海盗。没办法，欧洲国家的海军暂时还不能打，周边又没有像样的敌对国家舰队，吴天佑就只能让他们满世界地找海盗，拿他们练手。
吴天佑原本是安排太平天国去婆罗洲的兰芳共和国的，不过现在发现有点不妥。
兰芳共和国已经自成一体发展几十年了，那边主要是道教和佛教的天下，这太平天国过去把上帝往他们头上一放，传播拜上帝教，哪还不翻了天了。结果可能是敌人还没打，中国人自己就开始干起来了。
反而是吕宋岛（今菲律宾）那边的华人信上帝的比较多，当然不是拜上帝教是正宗的天主教。而且吕宋又没有华人政权，都是在西班牙的统治之下，不仅日子过得艰辛，还很不受西班牙统治者待见。200多年前，西班牙就在吕宋对华人展开过三次大屠杀。太平天国过去是解放他们，这样受到的抗拒会小很多。
至于兰芳共和国，吴天佑完全可以强制收为藩国，再空降一个藩王过去。虽然一样会有反抗，但没有拜上帝教的因素在，绝对比太平天国要小得多。
而且，兰芳共和国的首脑人物和吴家都是出自广东嘉应州，更容易沟通。当然，如果他们胆敢反抗，吴天佑不介意灭掉他们，下面的人自然会接受新的藩王统治。
权衡利弊之后，吴天佑最终决定改变当初的计划，让太平天国去吕宋。为此，吴天佑亲笔给李秀成写了一封信，详细说明了情况，并送了一份吕宋地图给他做参考。希望太平天国能接受这份新方案。
吴天佑知道，李秀成不管愿不愿意他都只能接受。但是，以商量的语气去征求意见，会让太平天国高层心里舒服很多，更容易接受。
而西北、新疆的问题就复杂多了，这里不仅有敌我双方的矛盾，还有宗教信仰问题。西北和新疆一带的主流信仰是伊教，当年西北太平军在此发展的时候，就遇到严重的信仰冲突。虽然太平军依然和回民起义军联合抗清，但宗教上的矛盾始终没有解决。
更为严重的是，早在1865年，中亚的伊教国家浩罕汗国派阿克麦吉特伯克（官职名）穆罕默德·雅霍甫，汉名阿古柏，入侵了新疆。今年（1867）5月，阿古柏建立“洪福汗国”，控制了除库车之外的整个南疆，并强迫民众改信伊教。