西汉时期，《史记天官书》说：“北宫玄武、虚、危”。《史记·龟策列传》载云：“南方老人用龟支床足，行二十余岁，老人死，移床，龟尚不死。龟能行气导引”。再者，北宫玄武七宿之第一宿斗宿，又称南斗。《星经》云：“南斗六星，主天子寿命，亦宰相爵禄之位”。
东晋时期，《抱朴子》载：城阳郄俭少时行猎，坠空冢中，饥饿，见冢中先有大龟，数数回转，所向无常，张口吞气，或俛或仰。俭亦素闻龟能导引，乃试随龟所为，遂不复饥”。晋干宝《搜神记》引管辂的话说：“南斗注生，北斗注死。”
东汉魏伯阳《周易参同契》也用龟蛇纠缪的例子说明阴阳必须配合：“关关睢鸠，在河之洲。窈窕淑女，君子好逑。雄不独处，雌不孤居。玄武龟蛇，纠盘相扶。以明牝牡，毕竟相胥”。
汉以后龟蛇合体的形象，乃是上古崇奉龟或鳖图腾的氏族，与崇奉蛇图腾的氏族相互通婚的遗留。顾颉刚在研究水神颛顼时，谈到了颛顼与真武的关系：“盖颛顼者，北方之上帝，犹今民间所祀之玄天上帝，故北维为其所建，玄宫为其所居。”或以为玄武本名玄冥，是水神。此神的最初本体为鲧。鲧的象征是鳖，别名鼋，鲧鼋省形作“玄黾”，也可写作“冥黾”、“玄冥”。一方面玄冥其音义与海相通，故由水神再变为海神，遂与原来的海神禺强混凝而为一，或为北方之神，或为水神，或为死神。另一方面“玄冥之冥在上古音系中与武相通。因此音近而通假”。
南朝时期，《后汉书王梁传》：“玄武，水神之名”。北宋时期，传说玄武改名成真武，是为了避宋朝赵家圣祖的讳。北宋天禧三年，《云笈七签》记载：“夫四象者，乃青龙、白虎、朱雀、玄武也。青龙者，东方甲乙......白虎者，西方庚辛金......朱雀者，南方丙丁火......玄武者，北方壬癸水。能柔能刚，经云：上善若水，非铅非锡，非众石之类，水乃河车神水，生乎天地之先，至药不可暂舍。能养育万物，故称玄武也。如志士烧炼丹鼎，知此四象者，十方天人莫不瞻奉。古经云“四神之丹”，此是也。”
宋元时期，真武由北宫玄武被抬升至真武真君，再抬升至玄天上帝的宝座，地位日隆。
明朝时期，由北方入继大统的明成祖，视镇守北方的玄武为其护佑之神，在发动靖难之役时就宣称真武之神显灵阴佑燕军，即位后，为宣扬“君权神授”，巩固继统，大肆崇祀真武。由于真武的封号已至玄天上帝，不可能再升级，遂决定对真武的祭祀搞得更为隆重：于京城东北方“并武当山重建庙宇。两京岁时朔望各遣官致祭，而武当山又专官督祀事”。在成祖上述宣传和举措的影响下，全国崇奉真武之风达到高潮，真武庙祀真正遍及天下。